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_Ely.
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Per ordine di Lord Cutler Beckett, molte persone accusate di pirateria vengono condannate all'impiccagione, tra le quali vi è anche un bambino. Quest'ultimo, poco prima di essere appeso al collo canta una canzone con il sostegno di tutti gli altri pirati ancora in vita, richiamando quindi a consiglio i Nove Pirati Nobili con lo scopo di porre fine alla tirannia di Beckett e della Compagnia delle Indie Orientali.
Avendo ascoltato la richiesta d'aiuto degli altri pirati, Elizabeth, Barbossa, Will e Tia Dalma si recano a Singapore da Sao Feng, uno dei Nove Pirati Nobili, per farsi dare le carte nautiche che conducono ai confini del mondo, fino allo scrigno di Davy Jones, dove vi è intrappolato Jack Sparrow insieme alla sua nave, la Perla Nera.
In primo luogo, Will tenta di rubare le carte, ma viene catturato dagli uomini di Sao Feng. Il pirata è perciò restio sulla decisione di cedere le mappe a Barbossa, ma alla fine si ritrova a stipulare un accordo con Turner: in cambio del suo aiuto per recuperare la Perla Nera in modo da salvare suo padre, lui gli cederà Jack e la ciurma (ad eccezione di Elizabeth). Sao Feng dona quindi a Will le carte insieme ad alcuni suoi uomini, capitanati da Tai Huang.
Nel frattempo, a bordo dell'Olandese Volante, per aver portato a Beckett il cuore di Jones, James Norrington ottiene il ruolo di ammiraglio. Grazie a questo gesto, la Compagnia delle Indie Orientali ottiene il controllo di tutti i mari e dell'Olandese, privando Davy Jones del Kraken e di qualsiasi autorità, anche se tuttavia questi non obbedisce alla lettera agli ordini di Beckett, nonostante minacci di distruggere il suo cuore.
In seguito, il capo della Compagnia ordina ai suoi uomini di uccidere il Governatore Swann, padre di Elizabeth, "reo" di essersi troppo interessato al contenuto del forziere maledetto.
I marinai, capitanati da Barbossa, dopo aver attraversato oceani e caverne di ghiaccio, riescono a raggiungere lo scrigno di Davy Jones, ovvero un'isola deserta, precipitando giù per un'altissima cascata posta ai confini del mondo. In questo luogo dimenticato da tutti, si ricongiungono con Jack Sparrow, il quale inizialmente rifiuta di imbarcarsi a causa della sua uccisione da parte di Elizabeth.
Tuttavia, resosi conto di non potersene andare in qualunque altro modo da quel posto, poiché le mappe sono in possesso di Barbossa, Jack sale a bordo della Perla e intraprende un viaggio con gli altri all'interno dello scrigno.
Oltrepassando il mare dove vi navigano coloro che sono morti, i marinai scorgono degli uomini su delle barche e tra questi vi è anche il Governatore Swann, il quale rivela loro che colui che pugnalerà il cuore di Davy Jones sarà costretto a prendere il suo posto come capitano dell'Olandese per sempre.
Interpretando le mappe di Sao Feng, Jack scopre il modo di ritornare al mondo reale, ovvero ribaltare la nave in modo che al tramonto possa fuoriuscire dall'altra parte.
Tornati indietro, i marinai convincono Jack a partecipare al Consiglio della Fratellanza essendo anche lui un Pirata Nobile. In seguito, durante uno sbarco per fare provvista di acqua, la Perla Nera viene raggiunta dalla nave di Sao Feng, il quale tradisce l'accordo fatto con Turner, stipulandone un altro con Beckett.
Questi intanto accoglie sulla sua nave Jack Sparow, il quale gli propone anche lui uno scambio: se lui estinguerà il suo debito con Jones, farà in modo di condurlo alla Baia dei Relitti, luogo in cui viene svolto il Consiglio dei Nove Pirati Nobili.
Sao Feng scopre che Beckett non ha alcuna intenzione di lasciare la Perla Nera nelle mani di un pirata, per cui stringe un altro accordo con Barbossa: in cambio di Elizabeth (che crede la reincarnazione della dea Calypso), gli restituirà la Perla.
Ripreso il viaggio verso la Baia dei Relitti, Beckett si occupa di seguire Jack e la Perla Nera e da segnalazione all'Olandese di stare dietro alla nave di Sao Feng, dove ora si trova anche Elizabeth.
Durante un colloquio tra i due, la nave singaporiana viene bombardata dai cannoni dell'Olandese Volante e Sao Feng muore, ma non prima di aver nominato Elizabeth capitano della nave e di avergli donato uno dei Nove pezzi da otto, segno che dimostra la sua appartenenza ai Pirati Nobili.
Tuttavia, la ragazza e la ciurma vengono catturati da Davy Jones ed Elizabeth si ricongiunge con James Norrington.
Nelle celle dell'Olandese, Elizabeth incontra "Sputafuoco" Bill Turner, il padre di Will, che gli rivela che suo figlio non potrà mantenere la promessa da lui dichiarata poiché se mai dovesse pugnalare il cuore di Jones per garantirgli la libertà, perderà per sempre lei.
Quella stessa notte, James Norrington fa scappare di prigione Elizabeth e la ciurma, ma durante la loro fuga egli viene ucciso da "Sputafuoco", il quale si ritrova sempre più sotto il controllo di Jones e dell'Olandese.
Will decide di lasciare una scia di corpi per far sì che Beckett la segua e lo raggiunga alla Baia. Jack lo scopre e decide di usarlo come "strumento" per portare a termine l'accordo stipulato con la Compagnia delle Indie, facendolo precipitare in mare, non prima però di avergli donato la sua bussola magica per arrivare a destinazione. Come pianificato, Will viene recuperato dalla nave di Beckett dove mostra lui la bussola prodigiosa e gli rivela che le intenzioni della fratellanza sono quelle di liberare dalla forma umana la dea Calypso, per fare in modo che possa aiutarli a combattere la Compagnia.
Ciò scatena l'ira di Jones che non desidera altro che vedere Calypso morta, poiché tempo addietro lo aveva fatto innamorare di lei per poi raggirarlo.
All'arrivo presso la Baia dei Relitti, Barbossa fa imprigionare Tia Dalma, la vera e propria incarnazione di Calypso. Durante il pernottamento nella squallida cella, Tia Dalma riceve la visita di Jones, il quale gli rivela il suo profondo odio per averlo abbandonato, ma che nonostante ciò lui la ama ancora e sempre la amerà.
Nella Baia, i Nove Pirati Nobili riuniscono tutti i loro Pezzi da otto per dare inizio al consiglio, nonostante l'arrivo in ritardo di Elizabeth che annuncia la morte di Sao Feng.
Barbossa rivela il suo piano per combattere Beckett, ovvero liberare Calypso, ma Elizabeth sostiene che sia meglio affrontarlo a combatterlo. Secondo il Codice dei Pirati però, un atto di guerra può essere annunciato solo dal Pirata Re, eletto tramite votazione popolare.
Ogni pirata da quindi il suo voto a se stesso ad eccezione di Jack, che da il suo ad Elizabeth, poiché la ragazza risulta avere i suoi stessi ideali. Al termine del consiglio, Jack si ricongiunge con suo padre Teague, custode del Codice.
All'arrivo delle navi nemiche, Elizabeth, Barbossa e Jack incontrano Will, Beckett e Jones su un lembo di terra, dove viene rivelato che il vero artefice del tradimento di Will è proprio Jack.
Elizabeth, essendo Re dei Pirati propone uno scambio a Backett: Will in cambio di Jack. Beckett accetta e Jack Sparrow, nonostante l'opposizione di Barbossa, viene fatto prigioniero a bordo dell'Olandese. Prima della battaglia, Tia Dalma viene fatta uscire dalla prigione e dopo aver celebrato il rito che prevede la liberazione di Calypso dal suo corpo, la dea scatena la sua furia su Davy Jones, creando un enorme maelstrom.
Dopo un emozionante e toccante discorso di Elizabeth, i Pirati Nobili innalzano le bandiere dichiarando guerra al nemico, in cui la Perla Nera e l'Olandese Volante si scontrano nel maelstrom creato da Calypso. Intanto Jack, a bordo dell'Olandese riesce ad uscire dal carcere e a prendere il forziere contenente il cuore di Davy Jones. Questi intanto ottiene con la forza la chiave che apre il forziere e subito dopo ingaggia un duello con Sparrow.
Sulla Perla, Barbossa celebra un rocambolesco e movimentato matrimonio tra Elizabeth e Will, mentre combattono contro i pirati di Jones. Al termine della "cerimonia", i due coniugi si scambiano un appassionante bacio e subito dopo Will si reca a bordo della nave avversaria in cerca di suo padre. "Sputafuoco", reso folle al pensiero di far parte della ciurma di Davy Jones, si accanisce contro il suo stesso figlio, ma in suo aiuto arriva Elizabeth.
Jack riesce a prendere la chiave del forziere, ma Jones lo stordisce e si agguanta contro Elizabeth e Will. Sparrow, ripresosi, apre il forziere e minaccia di pugnalare il cuore, ma Davy Jones infilza Will lasciando Jack di sasso. "Sputafuoco" si riprende dalle sue angosce e si scaglia contro Jones, mentre Jack fa in modo che Will, in procinto di morire, pugnali il cuore.
Davy Jones quindi muore e finisce nel maelstrom, mentre Elizabeth e Jack si mettono in salvo lasciando Will e la ciurma dell'Olandese al suo destino. Quando l'Endeavour, ovvero la nave che porta Beckett, si fa avanti, l'Olandese, insieme al suo nuovo capitano Will sopravvissuto alla morte per aver pugnalato il cuore di Jones, fuoriesce nuovamente dal mare e insieme alla Perla Nera mette in atto un attacco ad incrocio che prevede la distruzione dell'Endeavour e la morte di Beckett stesso.
In seguito alla vittoria Elizabeth saluta l'equipaggio della Perla e raggiunge Will a terra. Poco prima del calar del sole però, i due sono costretti a separarsi poiché Will deve riprendere il largo sull'Olandese e non potrà sbarcare prima di dieci anni. La scena si conclude con Elizabeth che dopo aver posato a terra il forziere, stavolta contenente il cuore di Will, guarda il suo amato allontanarsi a bordo della sua nave, scomparendo tra i raggi del sole ormai calato.
La Perla Nera fa rotta a Tortuga dove Barbossa abbandona nuovamente Jack, in compagnia di Gibbs, riprendendo la navigazione. Stavolta però Jack ha imparato la lezione e ha sottratto le carte nautiche a Barbossa per partire alla ricerca della mitica Fonte della Giovinezza.
Il film si chiude con Jack Sparrow che a bordo di una scialuppa parte verso nuove avventure, tracannando rum.
Scena dopo i titoli di coda:
Dopo dieci anni Elizabeth attende il tramonto per rivedere Will e insieme a lei c'è suo figlio che corre lungo la scogliera. Entrambi sono visibilmente emozionati. Calato il tramonto, dopo il verde baleno, Will si avvicina con l'Olandese Volante e vede la sua amata assieme all'erede che non ha mai conosciuto.
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